5 circos基因加倍分析最后一步报错

用circos进行基因加倍分析时,最后一步,提示如下错误。
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attachments-2019-05-Zt04djkE5cd962146a019.jpgattachments-2019-05-LZ6SPUiY5cd9621fcb2b3.jpg
用的config文件是培训课上config2,txt文件,chr.info截图如下:attachments-2019-05-F2YU5MoH5cd962b04bdcd.jpg

请问哪里出问题了呢?




attachments-2019-05-GCu9vtw15cdacce9d9056.jpg这是我的图的一部分

attachments-2019-05-mEZVTdNf5cdacd189b8ef.jpg这是别人发表文章当中的图。

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最佳答案 2019-05-15 11:30


染色体设置错误,不懂两列之间的区别,就两列都设置一样,和数据中的染色体编号保持一致;

attachments-2019-05-mwnwZwId5cda87b001c6e.jpg


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其它 3 个回答

安生水
擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

你的chr.info文件是有问题的,你可以参考一下这篇文章:http://www.omicsclass.com/article/644。

最后一列是按照人的染色体编号来设置染色体的颜色。

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Daitoue
擅长:生命科学,生物信息

这只是一个绘图软件,不是加倍分析软件。。。。。

根据提示应该是核型文件 里面染色体相关的错误,第三列对应的是实际的染色体,第四列是标注染色体编号,而最后一列表示的是颜色,并没有你这个格式编码对应的颜色形式,你可以修改一下看是1部分染色体无法识别(三列四列)还是2部分(最后一列)颜色格式的问题。并且,注意你后半段染色体信息种没有第五列的 0

可以参考一下:http://www.omicsclass.com/article/644

attachments-2019-05-B8Ixv9eM5cda172e760bc.jpg

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吹不成调

attachments-2019-05-hrQT9TiR5cda683a4c7ff.jpg

共线性文件attachments-2019-05-1Yhz1PPJ5cda683cadf9e.jpg

染色体信息文件
attachments-2019-05-hbehftdh5cda684239f7b.jpg

共线性对

attachments-2019-05-D46nuSUu5cda67fb6582e.jpg

最后的图

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